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基因组所章张研究员完成开发RiceWiki数据库

  克日,BG视讯章张研究员课题组与北京理工大学、中国林业科学研究院及华中农业大学相助开发完成RiceWiki数据库 。该数据库是基于维基百科的水稻基因信息平台,是可编辑且内容果真的公众注释系统 。研究效果在Nucleic Acids Research杂志揭晓 。 

  水稻是人类主要的粮食作物之一,同时也是研究农作物及其他相关植物的主要模式生物 。因此,水稻成为第一个全基因组测序的农作物 。随着水稻基因组学和转录组学研究的深入,先后泛起了BGI-RIS,TIGR,RAP-DBRGKbase等专业数据库 。这些数据库多是依赖专业职员的编辑更新,不但费时艰辛,并且本钱也逐渐增添,导致其更新速率远远落伍于水稻数据的指数增添 。RiceWiki数据库的优势在于搜集整个水稻研究领域的科研职员的智慧和实力,配合完善水稻基因的相关信息和数据更新,以期构建一部水稻基因的百科全书 。 

  现在,RiceWiki已经整合了两个水稻莳植亚种的基因数据(O. sativa indica 93–11 O. sativa japonica Nipponbare),涵盖66000多个水稻基因的相关信息 。水稻基因的原始资料主要泉源于RefSeq NCBI),Ensembl,RAP-DBMSU Rice Genome Annotation Project 。每个水稻基因的资料由注释信息、研究该基因的相关实验室以嘉拷寮文献和结构信息组成 。 

  为相识决著作权的问题,RiceWiki还引入了作者奖励机制(AuthorReward),不但可以评价基因注释信息的质量,还可以提高相关领域科研职员的加入度 。RiceWiki允许注册用户随时创立,更新和修改水稻基因信息,显着的简化了资料网络,剖析和整理的历程,以顺应生物学数据的爆炸式增添模式 。    

  RiceWiki数据库 

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   RiceWiki数据库截屏 

   

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