基因组所乐成开发整合网络工具——iBIG
克日,北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室雷红星研究员,向导其团队乐成开发网页版整合网络工具——iBIG (integrative BIoloGy),该研究效果《iBIG: An Integrative Network Tool for Supporting Human Disease Mechanism Studies》在Genomics, Proteomics & Bioinformatics (GPB) 2013年第3期Gene Regulatory Networks (GRN,基因调控网络) 专刊上揭晓。该工具整合了多种基因相互作用和调控信息,天生的基因网络可以举行种种信息注释并在线直接完成可视化,这种网页版的可视化方法为网络的完善提供了极大的利便。
别的,该工具还提供了一个附件R软件包ArrayPro。使用该软件包中提供的一系列函数可以对微阵列数据举行预处置惩罚;可以寻找差别表达基因,由今天生的主要基因列表通?杀挥米鱥BIG的基因输入;可以对基因列表举行功效富集剖析;还可以构立功效?橥,使用iBIG也可以将功效?橥缭谙咧苯油瓿煽墒踊。
为了展示iBIG的效用,雷红星研究员及其研究团队网络了54组人类常见疾病的微阵列数据,构建了基因和功效两个层面的网络。这两个层面的网络为人类疾病致病机理的研究提供了新的思绪。
总的来说,iBIG是一个全新的网络构建和可视化工具,其特色在于整合了多种基因相互作用和调控信息,网页版的可视化方法,以及功效?橥绲墓菇。
iBIG链接:http://lei.big.ac.cn/ibig
R软件包ArrayPro链接:http://lei.big.ac.cn/download/open_download_page.
论文链接:http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022912001131

iBIG 架构图






