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基因组所生物信息高性能盘算机正式投入使用

随着中科院北京基因组研究所第二代测序仪陆续投入使用,海量的数据日益产出,原有基因组所的盘算能力和数据存储能力已经远远不可知足新的需求,为此,2008年10月基因组所启动了采购妄想。2009年2月下旬,基因组所生物信息高性能盘算机到位,经由主要的装置调试,已正式投入使用。这次选用的浪潮服务器,属于国产自主品牌高性能盘算系统,其运算剖析能力抵达每秒10万亿次,数据存储能力抵达400TB,随着高性能盘算系统的投入使用,加之2008年,3台SOLiDTM系统基因剖析仪的装置运行,基因组所在硬件情形系统实验了更新换代,全力搭建的基因组测序和生物信息处置惩罚平台起源完成。

   基因组学是当今天下上生长最快的学科之一,作为基础科学研究,关于先进的科学仪器的要求尤为突出,科学仪器和手艺要领的突破往往是重大科学原始立异的先导,高通量测序仪和高性能的生物信息处置惩罚器是基因组学研究的主要工具和手段,进入21世纪,陪同着生命科学的飞速希望,科学仪器每年都在爆发具有革命性的转变。

   2月6日,随着大型盘算机的到位,基因组所的事情职员最先紧锣密鼓的设计与装置系统,起源完成了盘算集群硬件和软件的装置,现在已经进入整个系统测试和调优阶段,该大型盘算机妄想在2月尾将所有投入使用。此次到位的高性能集群式服务器主要接纳了浪潮的刀片服务器以及存储,分为盘算节点和存储节点两部分:盘算部分接纳12台刀片中心,设置了112片刀片,每颗刀片设置了两颗2.83G Intel Xeon 5440 CPU,有92片设置了16GB 内存,20片设置了32GB内存并设置了infiniband 高速交流网络,总体的运算速率抵达10万亿次/秒。存储部分接纳9套48 TB的盘阵,抵达432 TB的总容量,知足海量生物数据存储的需求。网络部分集中了万兆、千兆、Infiniband、FC等多种网络情形搭建而成。系统将集群监控软件、生物信息软件、数据库等集成,组成高性能生物信息专用集群系统。

   2008年引进的SOLiDTM (Sequencing by Oligonucleotide Ligation and Detection)的高通量测序系统。其每轮运行可以爆发凌驾30亿碱基(相当于一小我私家类基因组全序列)的可定位数据 ?啥远嘀志昃傩屑吡侄鹊牟庑蚱饰;能够对包括特殊疾病或者药物表型等在内的完整基因举行准确的序列剖析;也能用于高通量的基因表达研究,而其本钱和时间消耗大大低于古板测序手艺。特殊是在开展靶基因重测序研究、基因表达剖析、MicroRNA(非编码小分子RNA)的发明、染色质免疫共沉淀研究以及其它物种全基因组序列测定等相关研究方面将给予强盛的支持。

   基因组所作为北郊生命科学园区的焦点团队成员,将充分验展高通量测序仪和高性能生物信息处置惩罚系统平台的作用,起劲开展与兄弟院所普遍的交流和科研项目相助。建设信息相同和共享机制,建设科研手艺职员的交流平台,起劲营造开放、共享的实验研究情形。现在,基因组所的高通量测序仪和高性能生物信息处置惩罚盘算机已经被列入北京生命科学大型仪器共享系统,实验平台资源共享。

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